叶超教授及其团队长期研究城镇化与城乡治理问题，主持国家社会科学基金重大子课题、国家社会科学基金和国家自然科学基金项目共5项，以及其他科研和规划实践项目20多项。近5年共发表中英文核心刊物论文50多篇，相关研究成果在Journal of Rural Studies、International Development Planning Review、Habitat International、Land Use Policy、The Professional Geographer、Stochastic Environmental Research and Risk Assessment、Journal of Cleaner Production等国际权威的城市、乡村和可持续研究的 SSCI/SCI 刊物发表，中文论文有10篇被人大复印资料全文转载。独立出版了系统性研究中国城乡关系长期历史和理论的专著——《体国经野：中国城乡关系发展的理论与历史》，提出了一个新理论——斯密框架，获上海市第十三届哲学社会科学优秀成果二等奖。
    叶超教授所主持社科重大项目所聚焦的主要问题是：城乡融合涉及户籍、土地、社保、行政管理等多维制度间的联系是什么？它们如何联动从而促进城乡融合？课题拟运用多尺度综合的方法论探究多维制度联动促进城乡融合的机制，在实践上从宏观顶层设计（战略与体制）——中观组织衔接（行政管理制度）——微观保障实施（土地社保等制度）三个层面进行制度创新以有效解决上述难题。

    国家社科基金重大招标项目是现阶段人文社科类项目中层次最高、资助力度最大、最具权威性的项目，代表国内最高研究水平。重大项目面向全国，公平竞争，择优立项。项目申请注重基础研究、新兴边缘交叉学科和跨学科综合研究，着力推出具有重大学术创新价值和文化传承意义的标志性研究成果和有实践指导意义、有决策参考价值的重大成果，充分发挥哲学社会科学思想库作用，更好地服务国家战略和社会民生建设。

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